En 1852 Louis Napoléon Bonaparte, alors Président de la République, rachète le domaine de Villeneuve-l'Étang. Une fois devenu empereur, il y fit construire le pavillon des Cent Gardes pour la garde impériale et le domaine devint pendant 17 ans le théâtre de nombreuses fêtes de la cour impériale.
C'est en 1859 qu'il fit édifier à ses frais dans le bourg, une nouvelle église pour remplacer celle détruite à la Révolution. Elle va porter le nom de l'impératrice : Sainte-Eugénie, qui appréciait beaucoup l'endroit et le nom de Marnes-la-Coquette fut
alors, officialisé par décret pour rendre hommage à la qualité de ce village entouré de forêts et de parcs.
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La guerre de 1870 se fit cruellement sentir à Marnes. Un camp d'un millier de Silésiens fut établi dans le domaine de la Marche. Sur les 300 habitants que comptait la commune, la plupart émigrèrent à Versailles ou à Paris, et c'est alors que les propriétés furent pillées. La défense s'organisa dans le Parc de Saint-Cloud et on remarque encore près de l'étang de Villeneuve les vestiges d'un retranchement où les Prussiens installèrent une batterie.
Sous la Commune, c'est l'ancien hôtel de la Tête Noire, place de la Mairie qui abrita le maréchal de Mac Mahon et son état major en 1871 pendant le siège de Paris.
Après la chute de l'Empire, Villeneuve-l'Etang devint domaine public en 1878 : affecté au Ministère de l'Instruction Publique et des Beaux Arts, il fut attribué à Louis Pasteur en 1884 pour lui permettre de poursuivre ses travaux sur la rage. Il y mourût le 28 septembre 1895.